En 1524, le culte y fut célébré pour la première fois en langue populaire et la Sainte-Cène distribuée sous les deux espèces. Sous l’impulsion de son dynamique curé Antoine Firn, bientôt acquis aux idées de Luther, Saint-Thomas devint une église protestante et le resta sans interruption jusqu’à ce jour.
D’un point de vue architectural, l’édifice est de type église-halle à cinq vaisseaux d’égale hauteur, de style gothique tardif, surmonté de deux tours, une tour carré sur l’entrée principale et une tour hexagonale sur la croisée du transept. L’église est classée monument historique depuis 1862.
La Fondation Saint-Thomas, propriétaire du bâtiment, assure l’essentiel de son entretien. C’est ainsi, qu’en 2009, elle a lancé d’importants travaux de restauration.
L’orgue de l’église Saint-Thomas, construit en 1740 par le célèbre facteur Jean André Silbermann, a été relevé en 2009 par la maison Blumenroeder. Son excellente sonorité fut louée par Mozart lors de son passage à Strasbourg en 1778. Contrairement aux autres « Silbermann » de la ville, l’orgue de Saint-Thomas a gardé une bonne partie de son matériel d’origine, grâce notamment à la vigilance d’Albert Schweitzer, théologien, médecin et organiste qui instaura la tradition des concerts commémoratifs de la mort de J.S. Bach et qui écrivit : « C’est un régal de jouer une fugue de Bach sur cet instrument ; je n’en connais aucun autre où tout s’entend de façon aussi claire et précise. » Le mausolée du maréchal Maurice de Saxe, œuvre de Jean-Baptiste Pigalle, est l’une des pièces maîtresses de la sculpture française du XVIIIe siècle. La cérémonie de la translation de la dépouille, le 20 août 1777, à laquelle assistèrent toutes les autorités civiles et militaires, fut une date très importante pour les protestants d’Alsace ; à quelques années de la fin de l’Ancien Régime, elle constitua en fait la reconnaissance officieuse de leur existence et de leur culte.
L’église Saint-Thomas abrite encore un grand nombre de monuments funéraires dédiés à des personnalités ayant marqué l’histoire de la ville, parmi lesquels l’épitaphe de Sébastien Brant, un médaillon de Martin Bucer, un monument en marbre à la mémoire de Jérémie-Jacques Oberlin, les mausolées de Jean-Daniel Schoepflin et de Christophe Guillaume Koch. Coulées à la Fonderie Bachert de Karlsruhe le vendredi 29 mai 2009 à 15 h (jour et heure de la mort du Christ comme le veut la tradition des fondeurs), dédicacées le 6 septembre, les quatre nouvelles cloches ont pris leur envol pour la première fois le 30 octobre 2009 à l’occasion du lancement de Protestants en Fête.
Depuis plus de deux siècles, l’église n’était pourvue que de deux cloches, une petite, traditionnellement utilisée pour le « Notre Père » et un bourdon coulé par Mathieu Edel en 1783. Cette cloche historique rescapée des tragédies européennes méritait d’être ménagée pour une conservation sur le long terme. Par ailleurs, il n’y avait aucune harmonie possible entre les deux, ni avec celles de la Cathédrale voisine, ce qui n’est plus le cas désormais.
Faites de bronze (78 % de cuivre et 22 % d’étain) et pesant entre 728 kg et 2 075 kg, Amour, Foi, Espérance et Témoins Ensemble sonneront respectivement les notes : do dièse, mi (3), fa dièse, la).
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